PMMA 3-mer

Write the first paragraph of your page here.

Section heading
Write the first section of your page here.

PMMA 3-mer



 * OPLS-AA topology, built by TopolGen version 1.1_dev (10/14/2009)


 * Script written by: Justin Lemkul (jalemkul@vt.edu)


 * This is your molecule's topology


 * Check it carefully for any errors. It is not necessarily perfect!




 * Topology written on Wed Jul  3 17:31:51 EDT 2013




 * Include force field


 * 1) include "ffoplsaa.itp"

[ moleculetype ]


 * Name            nrexcl

LIG                 3

[ atoms ]


 * nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB

1   opls_135      1    LIG      C      1     -0.180   12.01100

2   opls_135      1    LIG      C      2     -0.180   12.01100

3   opls_140      1    LIG      H      2      0.060    1.00800

4   opls_140      1    LIG      H      2      0.060    1.00800

5   opls_140      1    LIG      H      2      0.060    1.00800

6   opls_145      1    LIG      C      3      0.000   12.01100

7   opls_135      1    LIG      C      4     -0.180   12.01100

8   opls_135      1    LIG      C      5     -0.180   12.01100

9   opls_140      1    LIG      H      5      0.060    1.00800

10   opls_140      1    LIG      H      5      0.060    1.00800

11   opls_140      1    LIG      H      5      0.060    1.00800

12   opls_154      1    LIG      O      5     -0.683   15.99940

13   opls_157      1    LIG      C      6      0.145   12.01100

14   opls_236      1    LIG      O      6     -0.500   15.99940

15   opls_140      1    LIG      H      6      0.060    1.00800

16   opls_140      1    LIG      H      6      0.060    1.00800

17   opls_140      1    LIG      H      6      0.060    1.00800

18   opls_140      1    LIG      H      6      0.060    1.00800

19   opls_137      1    LIG      C      7     -0.060   12.01100

20   opls_140      1    LIG      H      7      0.060    1.00800

21   opls_135      1    LIG      C      8     -0.180   12.01100

22   opls_145      1    LIG      C      9      0.000   12.01100

23   opls_135      1    LIG      C     10     -0.180   12.01100

24   opls_140      1    LIG      H     10      0.060    1.00800

25   opls_140      1    LIG      H     10      0.060    1.00800

26   opls_140      1    LIG      H     10      0.060    1.00800

27   opls_236      1    LIG      O     10     -0.500   15.99940

28   opls_154      1    LIG      O     10     -0.683   15.99940

29   opls_135      1    LIG      C     11     -0.180   12.01100

30   opls_140      1    LIG      H     11      0.060    1.00800

31   opls_140      1    LIG      H     11      0.060    1.00800

32   opls_140      1    LIG      H     11      0.060    1.00800

33   opls_140      1    LIG      H     11      0.060    1.00800

34   opls_136      1    LIG      C     12     -0.120   12.01100

35   opls_140      1    LIG      H     12      0.060    1.00800

36   opls_140      1    LIG      H     12      0.060    1.00800

37   opls_145      1    LIG      C     13      0.000   12.01100

38   opls_135      1    LIG      C     14     -0.180   12.01100

39   opls_140      1    LIG      H     14      0.060    1.00800

40   opls_140      1    LIG      H     14      0.060    1.00800

41   opls_140      1    LIG      H     14      0.060    1.00800

42   opls_154      1    LIG      O     14     -0.683   15.99940

43   opls_157      1    LIG      C     15      0.145   12.01100

44   opls_236      1    LIG      O     15     -0.500   15.99940

45   opls_140      1    LIG      H     15      0.060    1.00800

46   opls_140      1    LIG      H     15      0.060    1.00800

47   opls_140      1    LIG      H     15      0.060    1.00800

[ bonds ]


 * ai    aj funct

1     2     1 ;     C     C

1     3     1 ;     C     H

1     4     1 ;     C     H

1     5     1 ;     C     H

2     6     1 ;     C     C

2     7     1 ;     C     C

2     8     1 ;     C     C

6    12     1 ;     C     O

6    14     1 ;     C     O

7     9     1 ;     C     H

7    10     1 ;     C     H

7    11     1 ;     C     H

8    18     1 ;     C     H

8    19     1 ;     C     C

8    20     1 ;     C     H

12    13     1 ;     O     C

13    15     1 ;     C     H

13    16     1 ;     C     H

13    17     1 ;     C     H

19    21     1 ;     C     C

19    22     1 ;     C     C

19    23     1 ;     C     C

21    24     1 ;     C     H

21    25     1 ;     C     H

21    26     1 ;     C     H

22    27     1 ;     C     O

22    28     1 ;     C     O

23    33     1 ;     C     H

23    34     1 ;     C     C

23    35     1 ;     C     H

28    29     1 ;     O     C

29    30     1 ;     C     H

29    31     1 ;     C     H

29    32     1 ;     C     H

34    36     1 ;     C     H

34    37     1 ;     C     C

34    38     1 ;     C     C

37    42     1 ;     C     O

37    44     1 ;     C     O

38    39     1 ;     C     H

38    40     1 ;     C     H

38    41     1 ;     C     H

42    43     1 ;     O     C

43    45     1 ;     C     H

43    46     1 ;     C     H

43    47     1 ;     C     H

[ pairs ]


 * ai    aj funct

1    12     1 ;     C     O

1    14     1 ;     C     O

1     9     1 ;     C     H

1    10     1 ;     C     H

1    11     1 ;     C     H

1    18     1 ;     C     H

1    19     1 ;     C     C

1    20     1 ;     C     H

6     9     1 ;     C     H

6    10     1 ;     C     H

6    11     1 ;     C     H

6    18     1 ;     C     H

6    19     1 ;     C     C

6    20     1 ;     C     H

2    13     1 ;     C     C

7    18     1 ;     C     H

7    19     1 ;     C     C

7    20     1 ;     C     H

2    21     1 ;     C     C

2    22     1 ;     C     C

2    23     1 ;     C     C

6    15     1 ;     O     H

6    16     1 ;     O     H

6    17     1 ;     O     H

18    21     1 ;     H     C

18    22     1 ;     H     C

18    23     1 ;     H     C

8    24     1 ;     C     H

8    25     1 ;     C     H

8    26     1 ;     C     H

8    27     1 ;     C     O

8    28     1 ;     C     O

8    33     1 ;     C     H

8    34     1 ;     C     C

8    35     1 ;     C     H

21    27     1 ;     C     O

21    28     1 ;     C     O

21    33     1 ;     C     H

21    34     1 ;     C     C

21    35     1 ;     C     H

22    33     1 ;     C     H

22    34     1 ;     C     C

22    35     1 ;     C     H

19    29     1 ;     C     C

19    36     1 ;     C     H

19    37     1 ;     C     C

19    38     1 ;     C     C

27    29     1 ;     O     C

22    30     1 ;     O     H

22    31     1 ;     O     H

22    32     1 ;     O     H

33    36     1 ;     H     H

33    37     1 ;     H     C

33    38     1 ;     H     C

23    42     1 ;     C     O

23    44     1 ;     C     O

23    39     1 ;     C     H

23    40     1 ;     C     H

23    41     1 ;     C     H

36    42     1 ;     H     O

36    44     1 ;     H     O

36    39     1 ;     H     H

36    40     1 ;     H     H

36    41     1 ;     H     H

37    39     1 ;     C     H

37    40     1 ;     C     H

37    41     1 ;     C     H

34    43     1 ;     C     C

37    45     1 ;     O     H

37    46     1 ;     O     H

37    47     1 ;     O     H

[ angles ]


 * ai    aj    ak funct

2     1     3     1 ;     C     C     H

2     1     4     1 ;     C     C     H

2     1     5     1 ;     C     C     H

1     2     6     1 ;     C     C     C

1     2     7     1 ;     C     C     C

1     2     8     1 ;     C     C     C

3     1     4     1 ;     H     C     H

3     1     5     1 ;     H     C     H

4     1     5     1 ;     H     C     H

6     2     7     1 ;     C     C     C

6     2     8     1 ;     C     C     C

2     6    12     1 ;     C     C     O

2     6    14     1 ;     C     C     O

7     2     8     1 ;     C     C     C

2     7     9     1 ;     C     C     H

2     7    10     1 ;     C     C     H

2     7    11     1 ;     C     C     H

2     8    18     1 ;     C     C     H

2     8    19     1 ;     C     C     C

2     8    20     1 ;     C     C     H

12     6    14     1 ;     O     C     O

6    12    13     1 ;     O     C     C

9     7    10     1 ;     H     C     H

9     7    11     1 ;     H     C     H

10     7    11     1 ;     H     C     H

18     8    19     1 ;     H     C     C

18     8    20     1 ;     H     C     H

19     8    20     1 ;     C     C     H

8    19    21     1 ;     C     C     C

8    19    22     1 ;     C     C     C

8    19    23     1 ;     C     C     C

12    13    15     1 ;     C     O     H

12    13    16     1 ;     C     O     H

12    13    17     1 ;     C     O     H

15    13    16     1 ;     H     C     H

15    13    17     1 ;     H     C     H

16    13    17     1 ;     H     C     H

21    19    22     1 ;     C     C     C

21    19    23     1 ;     C     C     C

19    21    24     1 ;     C     C     H

19    21    25     1 ;     C     C     H

19    21    26     1 ;     C     C     H

22    19    23     1 ;     C     C     C

19    22    27     1 ;     C     C     O

19    22    28     1 ;     C     C     O

19    23    33     1 ;     C     C     H

19    23    34     1 ;     C     C     C

19    23    35     1 ;     C     C     H

24    21    25     1 ;     H     C     H

24    21    26     1 ;     H     C     H

25    21    26     1 ;     H     C     H

27    22    28     1 ;     O     C     O

22    28    29     1 ;     O     C     C

33    23    34     1 ;     H     C     C

33    23    35     1 ;     H     C     H

34    23    35     1 ;     C     C     H

23    34    36     1 ;     C     C     H

23    34    37     1 ;     C     C     C

23    34    38     1 ;     C     C     C

28    29    30     1 ;     C     O     H

28    29    31     1 ;     C     O     H

28    29    32     1 ;     C     O     H

30    29    31     1 ;     H     C     H

30    29    32     1 ;     H     C     H

31    29    32     1 ;     H     C     H

36    34    37     1 ;     H     C     C

36    34    38     1 ;     H     C     C

37    34    38     1 ;     C     C     C

34    37    42     1 ;     C     C     O

34    37    44     1 ;     C     C     O

34    38    39     1 ;     C     C     H

34    38    40     1 ;     C     C     H

34    38    41     1 ;     C     C     H

42    37    44     1 ;     O     C     O

37    42    43     1 ;     O     C     C

39    38    40     1 ;     H     C     H

39    38    41     1 ;     H     C     H

40    38    41     1 ;     H     C     H

42    43    45     1 ;     C     O     H

42    43    46     1 ;     C     O     H

42    43    47     1 ;     C     O     H

45    43    46     1 ;     H     C     H

45    43    47     1 ;     H     C     H

46    43    47     1 ;     H     C     H

[ dihedrals ]


 * ai    aj    ak    al funct

1     2     6    12     3 ;     C     C     C     O

1     2     6    14     3 ;     C     C     C     O

1     2     7     9     3 ;     C     C     C     H

1     2     7    10     3 ;     C     C     C     H

1     2     7    11     3 ;     C     C     C     H

1     2     8    18     3 ;     C     C     C     H

1     2     8    19     3 ;     C     C     C     C

1     2     8    20     3 ;     C     C     C     H

6     2     7     9     3 ;     C     C     C     H

6     2     7    10     3 ;     C     C     C     H

6     2     7    11     3 ;     C     C     C     H

6     2     8    18     3 ;     C     C     C     H

6     2     8    19     3 ;     C     C     C     C

6     2     8    20     3 ;     C     C     C     H

2     6    12    13     3 ;     C     C     O     C

7     2     8    18     3 ;     C     C     C     H

7     2     8    19     3 ;     C     C     C     C

7     2     8    20     3 ;     C     C     C     H

2     8    19    21     3 ;     C     C     C     C

2     8    19    22     3 ;     C     C     C     C

2     8    19    23     3 ;     C     C     C     C

6    12    13    15     3 ;     O     C     C     H

6    12    13    16     3 ;     O     C     C     H

6    12    13    17     3 ;     O     C     C     H

18     8    19    21     3 ;     H     C     C     C

18     8    19    22     3 ;     H     C     C     C

18     8    19    23     3 ;     H     C     C     C

8    19    21    24     3 ;     C     C     C     H

8    19    21    25     3 ;     C     C     C     H

8    19    21    26     3 ;     C     C     C     H

8    19    22    27     3 ;     C     C     C     O

8    19    22    28     3 ;     C     C     C     O

8    19    23    33     3 ;     C     C     C     H

8    19    23    34     3 ;     C     C     C     C

8    19    23    35     3 ;     C     C     C     H

21    19    22    27     3 ;     C     C     C     O

21    19    22    28     3 ;     C     C     C     O

21    19    23    33     3 ;     C     C     C     H

21    19    23    34     3 ;     C     C     C     C

21    19    23    35     3 ;     C     C     C     H

22    19    23    33     3 ;     C     C     C     H

22    19    23    34     3 ;     C     C     C     C

22    19    23    35     3 ;     C     C     C     H

19    22    28    29     3 ;     C     C     O     C

19    23    34    36     3 ;     C     C     C     H

19    23    34    37     3 ;     C     C     C     C

19    23    34    38     3 ;     C     C     C     C

27    22    28    29     3 ;     O     C     O     C

22    28    29    30     3 ;     O     C     C     H

22    28    29    31     3 ;     O     C     C     H

22    28    29    32     3 ;     O     C     C     H

33    23    34    36     3 ;     H     C     C     H

33    23    34    37     3 ;     H     C     C     C

33    23    34    38     3 ;     H     C     C     C

23    34    37    42     3 ;     C     C     C     O

23    34    37    44     3 ;     C     C     C     O

23    34    38    39     3 ;     C     C     C     H

23    34    38    40     3 ;     C     C     C     H

23    34    38    41     3 ;     C     C     C     H

36    34    37    42     3 ;     H     C     C     O

36    34    37    44     3 ;     H     C     C     O

36    34    38    39     3 ;     H     C     C     H

36    34    38    40     3 ;     H     C     C     H

36    34    38    41     3 ;     H     C     C     H

37    34    38    39     3 ;     C     C     C     H

37    34    38    40     3 ;     C     C     C     H

37    34    38    41     3 ;     C     C     C     H

34    37    42    43     3 ;     C     C     O     C

37    42    43    45     3 ;     O     C     C     H

37    42    43    46     3 ;     O     C     C     H

37    42    43    47     3 ;     O     C     C     H

[ dihedrals ]


 * aj    ak    ai    al funct

2    14     6    12     1    improper_O_C_X_Y ;     O     C     O     C

19    28    22    27     1    improper_O_C_X_Y ;     O     C     O     C

34    44    37    42     1    improper_O_C_X_Y ;     O     C     O     C

[ system ]


 * Name

LIG topology, generated by TopolGen

[ molecules ]


 * Compound        #mols

LIG                 1