P1B Ether Analogue

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P1B- Ether Analogue



 * OPLS-AA topology, built by TopolGen version 1.1_dev (10/14/2009)


 * Script written by: Justin Lemkul (jalemkul@vt.edu)


 * This is your molecule's topology


 * Check it carefully for any errors. It is not necessarily perfect!




 * Topology written on Wed Jul  3 17:31:29 EDT 2013




 * Include force field


 * 1) include "ffoplsaa.itp"

[ moleculetype ]


 * Name            nrexcl

LIG                 3

[ atoms ]


 * nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB

1   opls_135      1    LIG      C      1     -0.180   12.01100

2   opls_154      1    LIG      O      1     -0.683   15.99940

3   opls_136      1    LIG      C      2     -0.120   12.01100

4   opls_140      1    LIG      H      2      0.060    1.00800

5   opls_140      1    LIG      H      2      0.060    1.00800

6   opls_135      1    LIG      C      3     -0.180   12.01100

7   opls_140      1    LIG      H      3      0.060    1.00800

8   opls_140      1    LIG      H      3      0.060    1.00800

9   opls_140      1    LIG      H      3      0.060    1.00800

10   opls_140      1    LIG      H      3      0.060    1.00800

11   opls_140      1    LIG      H      3      0.060    1.00800

12   opls_135      1    LIG      C      4     -0.180   12.01100

13   opls_154      1    LIG      O      4     -0.683   15.99940

14   opls_137      1    LIG      C      5     -0.060   12.01100

15   opls_140      1    LIG      H      5      0.060    1.00800

16   opls_135      1    LIG      C      6     -0.180   12.01100

17   opls_140      1    LIG      H      6      0.060    1.00800

18   opls_140      1    LIG      H      6      0.060    1.00800

19   opls_140      1    LIG      H      6      0.060    1.00800

20   opls_140      1    LIG      H      6      0.060    1.00800

21   opls_140      1    LIG      H      6      0.060    1.00800

22   opls_135      1    LIG      C      7     -0.180   12.01100

23   opls_135      1    LIG      C      8     -0.180   12.01100

24   opls_140      1    LIG      H      8      0.060    1.00800

25   opls_140      1    LIG      H      8      0.060    1.00800

26   opls_140      1    LIG      H      8      0.060    1.00800

27   opls_135      1    LIG      C      9     -0.180   12.01100

28   opls_140      1    LIG      H      9      0.060    1.00800

29   opls_140      1    LIG      H      9      0.060    1.00800

30   opls_140      1    LIG      H      9      0.060    1.00800

31   opls_140      1    LIG      H      9      0.060    1.00800

[ bonds ]


 * ai    aj funct

1     2     1 ;     C     O

1     3     1 ;     C     C

1     4     1 ;     C     H

1     5     1 ;     C     H

2    12     1 ;     O     C

3     6     1 ;     C     C

3     7     1 ;     C     H

3     8     1 ;     C     H

6     9     1 ;     C     H

6    10     1 ;     C     H

6    11     1 ;     C     H

12    13     1 ;     C     O

12    14     1 ;     C     C

12    15     1 ;     C     H

13    22     1 ;     O     C

14    16     1 ;     C     C

14    17     1 ;     C     H

14    18     1 ;     C     H

16    19     1 ;     C     H

16    20     1 ;     C     H

16    21     1 ;     C     H

22    23     1 ;     C     C

22    24     1 ;     C     H

22    25     1 ;     C     H

23    26     1 ;     C     H

23    27     1 ;     C     C

23    28     1 ;     C     H

27    29     1 ;     C     H

27    30     1 ;     C     H

27    31     1 ;     C     H

[ pairs ]


 * ai    aj funct

2     6     1 ;     O     C

2     7     1 ;     O     H

2     8     1 ;     O     H

1    13     1 ;     O     O

1    14     1 ;     O     C

1    15     1 ;     O     H

1     9     1 ;     C     H

1    10     1 ;     C     H

1    11     1 ;     C     H

2    22     1 ;     C     C

2    16     1 ;     C     C

2    17     1 ;     C     H

2    18     1 ;     C     H

13    16     1 ;     O     C

13    17     1 ;     O     H

13    18     1 ;     O     H

12    23     1 ;     O     C

12    24     1 ;     O     H

12    25     1 ;     O     H

12    19     1 ;     C     H

12    20     1 ;     C     H

12    21     1 ;     C     H

13    26     1 ;     C     H

13    27     1 ;     C     C

13    28     1 ;     C     H

22    29     1 ;     C     H

22    30     1 ;     C     H

22    31     1 ;     C     H

26    29     1 ;     H     H

26    30     1 ;     H     H

26    31     1 ;     H     H

[ angles ]


 * ai    aj    ak funct

2     1     3     1 ;     O     C     C

2     1     4     1 ;     O     C     H

2     1     5     1 ;     O     C     H

1     2    12     1 ;     O     C     C

3     1     4     1 ;     C     C     H

3     1     5     1 ;     C     C     H

1     3     6     1 ;     C     C     C

1     3     7     1 ;     C     C     H

1     3     8     1 ;     C     C     H

4     1     5     1 ;     H     C     H

2    12    13     1 ;     C     O     O

2    12    14     1 ;     C     O     C

2    12    15     1 ;     C     O     H

6     3     7     1 ;     C     C     H

6     3     8     1 ;     C     C     H

3     6     9     1 ;     C     C     H

3     6    10     1 ;     C     C     H

3     6    11     1 ;     C     C     H

7     3     8     1 ;     H     C     H

9     6    10     1 ;     H     C     H

9     6    11     1 ;     H     C     H

10     6    11     1 ;     H     C     H

13    12    14     1 ;     O     C     C

13    12    15     1 ;     O     C     H

12    13    22     1 ;     O     C     C

14    12    15     1 ;     C     C     H

12    14    16     1 ;     C     C     C

12    14    17     1 ;     C     C     H

12    14    18     1 ;     C     C     H

13    22    23     1 ;     C     O     C

13    22    24     1 ;     C     O     H

13    22    25     1 ;     C     O     H

16    14    17     1 ;     C     C     H

16    14    18     1 ;     C     C     H

14    16    19     1 ;     C     C     H

14    16    20     1 ;     C     C     H

14    16    21     1 ;     C     C     H

17    14    18     1 ;     H     C     H

19    16    20     1 ;     H     C     H

19    16    21     1 ;     H     C     H

20    16    21     1 ;     H     C     H

23    22    24     1 ;     C     C     H

23    22    25     1 ;     C     C     H

22    23    26     1 ;     C     C     H

22    23    27     1 ;     C     C     C

22    23    28     1 ;     C     C     H

24    22    25     1 ;     H     C     H

26    23    27     1 ;     H     C     C

26    23    28     1 ;     H     C     H

27    23    28     1 ;     C     C     H

23    27    29     1 ;     C     C     H

23    27    30     1 ;     C     C     H

23    27    31     1 ;     C     C     H

29    27    30     1 ;     H     C     H

29    27    31     1 ;     H     C     H

30    27    31     1 ;     H     C     H

[ dihedrals ]


 * ai    aj    ak    al funct

2     1     3     6     3 ;     O     C     C     C

2     1     3     7     3 ;     O     C     C     H

2     1     3     8     3 ;     O     C     C     H

1     2    12    13     3 ;     O     C     C     O

1     2    12    14     3 ;     O     C     C     C

1     2    12    15     3 ;     O     C     C     H

1     3     6     9     3 ;     C     C     C     H

1     3     6    10     3 ;     C     C     C     H

1     3     6    11     3 ;     C     C     C     H

2    12    13    22     3 ;     C     O     O     C

2    12    14    16     3 ;     C     O     C     C

2    12    14    17     3 ;     C     O     C     H

2    12    14    18     3 ;     C     O     C     H

13    12    14    16     3 ;     O     C     C     C

13    12    14    17     3 ;     O     C     C     H

13    12    14    18     3 ;     O     C     C     H

12    13    22    23     3 ;     O     C     C     C

12    13    22    24     3 ;     O     C     C     H

12    13    22    25     3 ;     O     C     C     H

12    14    16    19     3 ;     C     C     C     H

12    14    16    20     3 ;     C     C     C     H

12    14    16    21     3 ;     C     C     C     H

13    22    23    26     3 ;     C     O     C     H

13    22    23    27     3 ;     C     O     C     C

13    22    23    28     3 ;     C     O     C     H

22    23    27    29     3 ;     C     C     C     H

22    23    27    30     3 ;     C     C     C     H

22    23    27    31     3 ;     C     C     C     H

26    23    27    29     3 ;     H     C     C     H

26    23    27    30     3 ;     H     C     C     H

26    23    27    31     3 ;     H     C     C     H

[ system ]


 * Name

LIG topology, generated by TopolGen

[ molecules ]


 * Compound        #mols

LIG                 1