Polytetrafluoroethylene 3-mer

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PTFE 3-mer TOP



 * OPLS-AA topology, built by TopolGen version 1.1_dev (10/14/2009)


 * Script written by: Justin Lemkul (jalemkul@vt.edu)


 * This is your molecule's topology


 * Check it carefully for any errors. It is not necessarily perfect!




 * Topology written on Wed Jul  3 17:32:51 EDT 2013




 * Include force field


 * 1) include "ffoplsaa.itp"

[ moleculetype ]


 * Name            nrexcl

LIG                 3

[ atoms ]


 * nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB

1   opls_135      1    LIG      C      1     -0.180   12.01100

2   opls_161      1    LIG      C      2      0.532   12.01100

3   opls_164      1    LIG      F      2     -0.206   18.99840

4   opls_164      1    LIG      F      2     -0.206   18.99840

5   opls_164      1    LIG      F      2     -0.206   18.99840

6   opls_164      1    LIG      F      2     -0.206   18.99840

7   opls_164      1    LIG      F      2     -0.206   18.99840

8   opls_161      1    LIG      C      3      0.532   12.01100

9   opls_164      1    LIG      F      3     -0.206   18.99840

10   opls_161      1    LIG      C      4      0.532   12.01100

11   opls_164      1    LIG      F      4     -0.206   18.99840

12   opls_161      1    LIG      C      5      0.532   12.01100

13   opls_164      1    LIG      F      5     -0.206   18.99840

14   opls_164      1    LIG      F      5     -0.206   18.99840

15   opls_164      1    LIG      F      5     -0.206   18.99840

16   opls_161      1    LIG      C      6      0.532   12.01100

17   opls_164      1    LIG      F      6     -0.206   18.99840

18   opls_164      1    LIG      F      6     -0.206   18.99840

19   opls_164      1    LIG      F      6     -0.206   18.99840

20   opls_164      1    LIG      F      6     -0.206   18.99840

[ bonds ]


 * ai    aj funct

1     2     1 ;     C     C

1     3     1 ;     C     F

1     4     1 ;     C     F

1     5     1 ;     C     F

2     6     1 ;     C     F

2     7     1 ;     C     F

2     8     1 ;     C     C

8     9     1 ;     C     F

8    10     1 ;     C     C

8    11     1 ;     C     F

10    12     1 ;     C     C

10    13     1 ;     C     F

10    14     1 ;     C     F

12    15     1 ;     C     F

12    16     1 ;     C     C

12    17     1 ;     C     F

16    18     1 ;     C     F

16    19     1 ;     C     F

16    20     1 ;     C     F

[ pairs ]


 * ai    aj funct

1     9     1 ;     C     F

1    10     1 ;     C     C

1    11     1 ;     C     F

6     9     1 ;     F     F

6    10     1 ;     F     C

6    11     1 ;     F     F

7     9     1 ;     F     F

7    10     1 ;     F     C

7    11     1 ;     F     F

2    12     1 ;     C     C

2    13     1 ;     C     F

2    14     1 ;     C     F

9    12     1 ;     F     C

9    13     1 ;     F     F

9    14     1 ;     F     F

8    15     1 ;     C     F

8    16     1 ;     C     C

8    17     1 ;     C     F

10    18     1 ;     C     F

10    19     1 ;     C     F

10    20     1 ;     C     F

15    18     1 ;     F     F

15    19     1 ;     F     F

15    20     1 ;     F     F

[ angles ]


 * ai    aj    ak funct

2     1     3     1 ;     C     C     F

2     1     4     1 ;     C     C     F

2     1     5     1 ;     C     C     F

1     2     6     1 ;     C     C     F

1     2     7     1 ;     C     C     F

1     2     8     1 ;     C     C     C

3     1     4     1 ;     F     C     F

3     1     5     1 ;     F     C     F

4     1     5     1 ;     F     C     F

6     2     7     1 ;     F     C     F

6     2     8     1 ;     F     C     C

7     2     8     1 ;     F     C     C

2     8     9     1 ;     C     C     F

2     8    10     1 ;     C     C     C

2     8    11     1 ;     C     C     F

9     8    10     1 ;     F     C     C

9     8    11     1 ;     F     C     F

10     8    11     1 ;     C     C     F

8    10    12     1 ;     C     C     C

8    10    13     1 ;     C     C     F

8    10    14     1 ;     C     C     F

12    10    13     1 ;     C     C     F

12    10    14     1 ;     C     C     F

10    12    15     1 ;     C     C     F

10    12    16     1 ;     C     C     C

10    12    17     1 ;     C     C     F

13    10    14     1 ;     F     C     F

15    12    16     1 ;     F     C     C

15    12    17     1 ;     F     C     F

16    12    17     1 ;     C     C     F

12    16    18     1 ;     C     C     F

12    16    19     1 ;     C     C     F

12    16    20     1 ;     C     C     F

18    16    19     1 ;     F     C     F

18    16    20     1 ;     F     C     F

19    16    20     1 ;     F     C     F

[ dihedrals ]


 * ai    aj    ak    al funct

1     2     8     9     3 ;     C     C     C     F

1     2     8    10     3 ;     C     C     C     C

1     2     8    11     3 ;     C     C     C     F

6     2     8     9     3 ;     F     C     C     F

6     2     8    10     3 ;     F     C     C     C

6     2     8    11     3 ;     F     C     C     F

7     2     8     9     3 ;     F     C     C     F

7     2     8    10     3 ;     F     C     C     C

7     2     8    11     3 ;     F     C     C     F

2     8    10    12     3 ;     C     C     C     C

2     8    10    13     3 ;     C     C     C     F

2     8    10    14     3 ;     C     C     C     F

9     8    10    12     3 ;     F     C     C     C

9     8    10    13     3 ;     F     C     C     F

9     8    10    14     3 ;     F     C     C     F

8    10    12    15     3 ;     C     C     C     F

8    10    12    16     3 ;     C     C     C     C

8    10    12    17     3 ;     C     C     C     F

10    12    16    18     3 ;     C     C     C     F

10    12    16    19     3 ;     C     C     C     F

10    12    16    20     3 ;     C     C     C     F

15    12    16    18     3 ;     F     C     C     F

15    12    16    19     3 ;     F     C     C     F

15    12    16    20     3 ;     F     C     C     F

[ system ]


 * Name

LIG topology, generated by TopolGen

[ molecules ]


 * Compound        #mols

LIG                 1