Nylon 6 Trimer

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Nylon 6 Trimer TOP



 * OPLS-AA topology, built by TopolGen version 1.1_dev (10/14/2009)


 * Script written by: Justin Lemkul (jalemkul@vt.edu)


 * This is your molecule's topology


 * Check it carefully for any errors. It is not necessarily perfect!




 * Topology written on Wed Jul  3 17:31:02 EDT 2013




 * Include force field


 * 1) include "ffoplsaa.itp"

[ moleculetype ]


 * Name            nrexcl

LIG                 3

[ atoms ]


 * nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB

1   opls_135      1    LIG      C      1     -0.180   12.01100

2   opls_135      1    LIG      C      2     -0.180   12.01100

3   opls_140      1    LIG      H      2      0.060    1.00800

4   opls_140      1    LIG      H      2      0.060    1.00800

5   opls_140      1    LIG      H      2      0.060    1.00800

6   opls_135      1    LIG      C      3     -0.180   12.01100

7   opls_140      1    LIG      H      3      0.060    1.00800

8   opls_140      1    LIG      H      3      0.060    1.00800

9   opls_140      1    LIG      H      3      0.060    1.00800

10   opls_135      1    LIG      C      4     -0.180   12.01100

11   opls_140      1    LIG      H      4      0.060    1.00800

12   opls_140      1    LIG      H      4      0.060    1.00800

13   opls_140      1    LIG      H      4      0.060    1.00800

14   opls_137      1    LIG      C      5     -0.060   12.01100

15   opls_140      1    LIG      H      5      0.060    1.00800

16   opls_145      1    LIG      C      6     -0.115   12.01100

17   opls_146      1    LIG      H      6      0.115    1.00800

18   opls_236      1    LIG      O      6     -0.500   15.99940

19   opls_900      1    LIG      N      7     -0.900   14.00670

20   opls_909      1    LIG      H      7      0.360    1.00800

21   opls_136      1    LIG      C      8     -0.120   12.01100

22   opls_140      1    LIG      H      8      0.060    1.00800

23   opls_140      1    LIG      H      8      0.060    1.00800

24   opls_137      1    LIG      C      9     -0.060   12.01100

25   opls_140      1    LIG      H      9      0.060    1.00800

26   opls_137      1    LIG      C     10     -0.060   12.01100

27   opls_140      1    LIG      H     10      0.060    1.00800

28   opls_135      1    LIG      C     11     -0.180   12.01100

29   opls_140      1    LIG      H     11      0.060    1.00800

30   opls_140      1    LIG      H     11      0.060    1.00800

31   opls_140      1    LIG      H     11      0.060    1.00800

32   opls_136      1    LIG      C     12     -0.120   12.01100

33   opls_140      1    LIG      H     12      0.060    1.00800

34   opls_140      1    LIG      H     12      0.060    1.00800

35   opls_145      1    LIG      C     13     -0.115   12.01100

36   opls_146      1    LIG      H     13      0.115    1.00800

37   opls_236      1    LIG      O     13     -0.500   15.99940

38   opls_900      1    LIG      N     14     -0.900   14.00670

39   opls_909      1    LIG      H     14      0.360    1.00800

40   opls_137      1    LIG      C     15     -0.060   12.01100

41   opls_140      1    LIG      H     15      0.060    1.00800

42   opls_137      1    LIG      C     16     -0.060   12.01100

43   opls_140      1    LIG      H     16      0.060    1.00800

44   opls_135      1    LIG      C     17     -0.180   12.01100

45   opls_140      1    LIG      H     17      0.060    1.00800

46   opls_140      1    LIG      H     17      0.060    1.00800

47   opls_140      1    LIG      H     17      0.060    1.00800

48   opls_135      1    LIG      C     18     -0.180   12.01100

49   opls_140      1    LIG      H     18      0.060    1.00800

50   opls_140      1    LIG      H     18      0.060    1.00800

51   opls_140      1    LIG      H     18      0.060    1.00800

52   opls_137      1    LIG      C     19     -0.060   12.01100

53   opls_140      1    LIG      H     19      0.060    1.00800

54   opls_145      1    LIG      C     20     -0.115   12.01100

55   opls_146      1    LIG      H     20      0.115    1.00800

56   opls_900      1    LIG      N     21     -0.900   14.00670

57   opls_909      1    LIG      H     21      0.360    1.00800

58   opls_909      1    LIG      H     21      0.360    1.00800

59   opls_236      1    LIG      O     21     -0.500   15.99940

[ bonds ]


 * ai    aj funct

1     2     1 ;     C     C

1     3     1 ;     C     H

1     4     1 ;     C     H

1     5     1 ;     C     H

2     6     1 ;     C     C

2     7     1 ;     C     H

2     8     1 ;     C     H

6     9     1 ;     C     H

6    10     1 ;     C     C

6    11     1 ;     C     H

10    12     1 ;     C     H

10    13     1 ;     C     H

10    14     1 ;     C     C

14    15     1 ;     C     H

14    16     1 ;     C     C

14    17     1 ;     C     H

16    18     1 ;     C     O

16    19     1 ;     C     N

19    20     1 ;     N     H

19    21     1 ;     N     C

21    22     1 ;     C     H

21    23     1 ;     C     H

21    24     1 ;     C     C

24    25     1 ;     C     H

24    26     1 ;     C     C

24    27     1 ;     C     H

26    28     1 ;     C     C

26    29     1 ;     C     H

26    30     1 ;     C     H

28    31     1 ;     C     H

28    32     1 ;     C     C

28    33     1 ;     C     H

32    34     1 ;     C     H

32    35     1 ;     C     C

32    36     1 ;     C     H

35    37     1 ;     C     O

35    38     1 ;     C     N

38    39     1 ;     N     H

38    40     1 ;     N     C

40    41     1 ;     C     H

40    42     1 ;     C     C

40    43     1 ;     C     H

42    44     1 ;     C     C

42    45     1 ;     C     H

42    46     1 ;     C     H

44    47     1 ;     C     H

44    48     1 ;     C     C

44    49     1 ;     C     H

48    50     1 ;     C     H

48    51     1 ;     C     H

48    52     1 ;     C     C

52    53     1 ;     C     H

52    54     1 ;     C     C

52    55     1 ;     C     H

54    56     1 ;     C     N

54    59     1 ;     C     O

56    57     1 ;     N     H

56    58     1 ;     N     H

[ pairs ]


 * ai    aj funct

1     9     1 ;     C     H

1    10     1 ;     C     C

1    11     1 ;     C     H

2    12     1 ;     C     H

2    13     1 ;     C     H

2    14     1 ;     C     C

9    12     1 ;     H     H

9    13     1 ;     H     H

9    14     1 ;     H     C

6    15     1 ;     C     H

6    16     1 ;     C     C

6    17     1 ;     C     H

12    15     1 ;     H     H

12    16     1 ;     H     C

12    17     1 ;     H     H

13    15     1 ;     H     H

13    16     1 ;     H     C

13    17     1 ;     H     H

10    18     1 ;     C     O

10    19     1 ;     C     N

15    18     1 ;     H     O

15    19     1 ;     H     N

14    20     1 ;     C     H

14    21     1 ;     C     C

18    20     1 ;     O     H

18    21     1 ;     O     C

16    22     1 ;     N     H

16    23     1 ;     N     H

16    24     1 ;     N     C

20    22     1 ;     H     H

20    23     1 ;     H     H

20    24     1 ;     H     C

19    25     1 ;     C     H

19    26     1 ;     C     C

19    27     1 ;     C     H

22    25     1 ;     H     H

22    26     1 ;     H     C

22    27     1 ;     H     H

23    25     1 ;     H     H

23    26     1 ;     H     C

23    27     1 ;     H     H

21    28     1 ;     C     C

21    29     1 ;     C     H

21    30     1 ;     C     H

25    28     1 ;     H     C

25    29     1 ;     H     H

25    30     1 ;     H     H

24    31     1 ;     C     H

24    32     1 ;     C     C

24    33     1 ;     C     H

26    34     1 ;     C     H

26    35     1 ;     C     C

26    36     1 ;     C     H

31    34     1 ;     H     H

31    35     1 ;     H     C

31    36     1 ;     H     H

28    37     1 ;     C     O

28    38     1 ;     C     N

34    37     1 ;     H     O

34    38     1 ;     H     N

32    39     1 ;     C     H

32    40     1 ;     C     C

37    39     1 ;     O     H

37    40     1 ;     O     C

35    41     1 ;     N     H

35    42     1 ;     N     C

35    43     1 ;     N     H

39    41     1 ;     H     H

39    42     1 ;     H     C

39    43     1 ;     H     H

38    44     1 ;     C     C

38    45     1 ;     C     H

38    46     1 ;     C     H

41    44     1 ;     H     C

41    45     1 ;     H     H

41    46     1 ;     H     H

40    47     1 ;     C     H

40    48     1 ;     C     C

40    49     1 ;     C     H

42    50     1 ;     C     H

42    51     1 ;     C     H

42    52     1 ;     C     C

47    50     1 ;     H     H

47    51     1 ;     H     H

47    52     1 ;     H     C

44    53     1 ;     C     H

44    54     1 ;     C     C

44    55     1 ;     C     H

50    53     1 ;     H     H

50    54     1 ;     H     C

50    55     1 ;     H     H

51    53     1 ;     H     H

51    54     1 ;     H     C

51    55     1 ;     H     H

48    56     1 ;     C     N

48    59     1 ;     C     O

53    56     1 ;     H     N

53    59     1 ;     H     O

52    57     1 ;     C     H

52    58     1 ;     C     H

[ angles ]


 * ai    aj    ak funct

2     1     3     1 ;     C     C     H

2     1     4     1 ;     C     C     H

2     1     5     1 ;     C     C     H

1     2     6     1 ;     C     C     C

1     2     7     1 ;     C     C     H

1     2     8     1 ;     C     C     H

3     1     4     1 ;     H     C     H

3     1     5     1 ;     H     C     H

4     1     5     1 ;     H     C     H

6     2     7     1 ;     C     C     H

6     2     8     1 ;     C     C     H

2     6     9     1 ;     C     C     H

2     6    10     1 ;     C     C     C

2     6    11     1 ;     C     C     H

7     2     8     1 ;     H     C     H

9     6    10     1 ;     H     C     C

9     6    11     1 ;     H     C     H

10     6    11     1 ;     C     C     H

6    10    12     1 ;     C     C     H

6    10    13     1 ;     C     C     H

6    10    14     1 ;     C     C     C

12    10    13     1 ;     H     C     H

12    10    14     1 ;     H     C     C

13    10    14     1 ;     H     C     C

10    14    15     1 ;     C     C     H

10    14    16     1 ;     C     C     C

10    14    17     1 ;     C     C     H

15    14    16     1 ;     H     C     C

15    14    17     1 ;     H     C     H

16    14    17     1 ;     C     C     H

14    16    18     1 ;     C     C     O

14    16    19     1 ;     C     C     N

18    16    19     1 ;     O     C     N

16    19    20     1 ;     N     C     H

16    19    21     1 ;     N     C     C

20    19    21     1 ;     H     N     C

19    21    22     1 ;     C     N     H

19    21    23     1 ;     C     N     H

19    21    24     1 ;     C     N     C

22    21    23     1 ;     H     C     H

22    21    24     1 ;     H     C     C

23    21    24     1 ;     H     C     C

21    24    25     1 ;     C     C     H

21    24    26     1 ;     C     C     C

21    24    27     1 ;     C     C     H

25    24    26     1 ;     H     C     C

25    24    27     1 ;     H     C     H

26    24    27     1 ;     C     C     H

24    26    28     1 ;     C     C     C

24    26    29     1 ;     C     C     H

24    26    30     1 ;     C     C     H

28    26    29     1 ;     C     C     H

28    26    30     1 ;     C     C     H

26    28    31     1 ;     C     C     H

26    28    32     1 ;     C     C     C

26    28    33     1 ;     C     C     H

29    26    30     1 ;     H     C     H

31    28    32     1 ;     H     C     C

31    28    33     1 ;     H     C     H

32    28    33     1 ;     C     C     H

28    32    34     1 ;     C     C     H

28    32    35     1 ;     C     C     C

28    32    36     1 ;     C     C     H

34    32    35     1 ;     H     C     C

34    32    36     1 ;     H     C     H

35    32    36     1 ;     C     C     H

32    35    37     1 ;     C     C     O

32    35    38     1 ;     C     C     N

37    35    38     1 ;     O     C     N

35    38    39     1 ;     N     C     H

35    38    40     1 ;     N     C     C

39    38    40     1 ;     H     N     C

38    40    41     1 ;     C     N     H

38    40    42     1 ;     C     N     C

38    40    43     1 ;     C     N     H

41    40    42     1 ;     H     C     C

41    40    43     1 ;     H     C     H

42    40    43     1 ;     C     C     H

40    42    44     1 ;     C     C     C

40    42    45     1 ;     C     C     H

40    42    46     1 ;     C     C     H

44    42    45     1 ;     C     C     H

44    42    46     1 ;     C     C     H

42    44    47     1 ;     C     C     H

42    44    48     1 ;     C     C     C

42    44    49     1 ;     C     C     H

45    42    46     1 ;     H     C     H

47    44    48     1 ;     H     C     C

47    44    49     1 ;     H     C     H

48    44    49     1 ;     C     C     H

44    48    50     1 ;     C     C     H

44    48    51     1 ;     C     C     H

44    48    52     1 ;     C     C     C

50    48    51     1 ;     H     C     H

50    48    52     1 ;     H     C     C

51    48    52     1 ;     H     C     C

48    52    53     1 ;     C     C     H

48    52    54     1 ;     C     C     C

48    52    55     1 ;     C     C     H

53    52    54     1 ;     H     C     C

53    52    55     1 ;     H     C     H

54    52    55     1 ;     C     C     H

52    54    56     1 ;     C     C     N

52    54    59     1 ;     C     C     O

56    54    59     1 ;     N     C     O

54    56    57     1 ;     N     C     H

54    56    58     1 ;     N     C     H

57    56    58     1 ;     H     N     H

[ dihedrals ]


 * ai    aj    ak    al funct

1     2     6     9     3 ;     C     C     C     H

1     2     6    10     3 ;     C     C     C     C

1     2     6    11     3 ;     C     C     C     H

2     6    10    12     3 ;     C     C     C     H

2     6    10    13     3 ;     C     C     C     H

2     6    10    14     3 ;     C     C     C     C

9     6    10    12     3 ;     H     C     C     H

9     6    10    13     3 ;     H     C     C     H

9     6    10    14     3 ;     H     C     C     C

6    10    14    15     3 ;     C     C     C     H

6    10    14    16     3 ;     C     C     C     C

6    10    14    17     3 ;     C     C     C     H

12    10    14    15     3 ;     H     C     C     H

12    10    14    16     3 ;     H     C     C     C

12    10    14    17     3 ;     H     C     C     H

13    10    14    15     3 ;     H     C     C     H

13    10    14    16     3 ;     H     C     C     C

13    10    14    17     3 ;     H     C     C     H

10    14    16    18     3 ;     C     C     C     O

10    14    16    19     3 ;     C     C     C     N

15    14    16    18     3 ;     H     C     C     O

15    14    16    19     3 ;     H     C     C     N

14    16    19    20     3 ;     C     C     N     H

14    16    19    21     3 ;     C     C     N     C

18    16    19    21     3 ;     O     C     N     C

16    19    21    22     3 ;     N     C     C     H

16    19    21    23     3 ;     N     C     C     H

16    19    21    24     3 ;     N     C     C     C

20    19    21    22     3 ;     H     N     C     H

20    19    21    23     3 ;     H     N     C     H

20    19    21    24     3 ;     H     N     C     C

19    21    24    25     3 ;     C     N     C     H

19    21    24    26     3 ;     C     N     C     C

19    21    24    27     3 ;     C     N     C     H

22    21    24    25     3 ;     H     C     C     H

22    21    24    26     3 ;     H     C     C     C

22    21    24    27     3 ;     H     C     C     H

23    21    24    25     3 ;     H     C     C     H

23    21    24    26     3 ;     H     C     C     C

23    21    24    27     3 ;     H     C     C     H

21    24    26    28     3 ;     C     C     C     C

21    24    26    29     3 ;     C     C     C     H

21    24    26    30     3 ;     C     C     C     H

25    24    26    28     3 ;     H     C     C     C

25    24    26    29     3 ;     H     C     C     H

25    24    26    30     3 ;     H     C     C     H

24    26    28    31     3 ;     C     C     C     H

24    26    28    32     3 ;     C     C     C     C

24    26    28    33     3 ;     C     C     C     H

26    28    32    34     3 ;     C     C     C     H

26    28    32    35     3 ;     C     C     C     C

26    28    32    36     3 ;     C     C     C     H

31    28    32    34     3 ;     H     C     C     H

31    28    32    35     3 ;     H     C     C     C

31    28    32    36     3 ;     H     C     C     H

28    32    35    37     3 ;     C     C     C     O

28    32    35    38     3 ;     C     C     C     N

34    32    35    37     3 ;     H     C     C     O

34    32    35    38     3 ;     H     C     C     N

32    35    38    39     3 ;     C     C     N     H

32    35    38    40     3 ;     C     C     N     C

37    35    38    40     3 ;     O     C     N     C

35    38    40    41     3 ;     N     C     C     H

35    38    40    42     3 ;     N     C     C     C

35    38    40    43     3 ;     N     C     C     H

39    38    40    41     3 ;     H     N     C     H

39    38    40    42     3 ;     H     N     C     C

39    38    40    43     3 ;     H     N     C     H

38    40    42    44     3 ;     C     N     C     C

38    40    42    45     3 ;     C     N     C     H

38    40    42    46     3 ;     C     N     C     H

41    40    42    44     3 ;     H     C     C     C

41    40    42    45     3 ;     H     C     C     H

41    40    42    46     3 ;     H     C     C     H

40    42    44    47     3 ;     C     C     C     H

40    42    44    48     3 ;     C     C     C     C

40    42    44    49     3 ;     C     C     C     H

42    44    48    50     3 ;     C     C     C     H

42    44    48    51     3 ;     C     C     C     H

42    44    48    52     3 ;     C     C     C     C

47    44    48    50     3 ;     H     C     C     H

47    44    48    51     3 ;     H     C     C     H

47    44    48    52     3 ;     H     C     C     C

44    48    52    53     3 ;     C     C     C     H

44    48    52    54     3 ;     C     C     C     C

44    48    52    55     3 ;     C     C     C     H

50    48    52    53     3 ;     H     C     C     H

50    48    52    54     3 ;     H     C     C     C

50    48    52    55     3 ;     H     C     C     H

51    48    52    53     3 ;     H     C     C     H

51    48    52    54     3 ;     H     C     C     C

51    48    52    55     3 ;     H     C     C     H

48    52    54    56     3 ;     C     C     C     N

48    52    54    59     3 ;     C     C     C     O

53    52    54    56     3 ;     H     C     C     N

53    52    54    59     3 ;     H     C     C     O

52    54    56    57     3 ;     C     C     N     H

52    54    56    58     3 ;     C     C     N     H

[ dihedrals ]


 * aj    ak    ai    al funct

14    19    16    18     1    improper_O_C_X_Y ;     N     C     O     C

16    20    19    21     1    improper_Z_N_X_Y ;     C     C     H     N

32    38    35    37     1    improper_O_C_X_Y ;     N     C     O     C

35    39    38    40     1    improper_Z_N_X_Y ;     C     C     H     N

52    59    54    56     1    improper_O_C_X_Y ;     O     C     N     C

54    57    56    58     1    improper_Z_N_X_Y ;     H     C     H     N

[ system ]


 * Name

LIG topology, generated by TopolGen

[ molecules ]


 * Compound        #mols

LIG                 1